Sau khi bị xử chém, thủ cấp của ông bị các đao phủ đưa đi đâu không rõ. Phần thi hài còn lại cũng bị thất lạc. Mãi đến năm 2007, trong quá trình xây dựng đô thị, một bộ hài cốt không đầu được cho rằng chính là di cốt của Trần Thuyết được phát hiện và được thân nhân ông công nhận. Vì vậy, bộ di cốt đã được cải táng đưa về khu lưu niệm Trần Thuyết tại phường An Sơn, thành phố Tam Kỳ. Phần thủ cấp được làm bằng đất sét để thay thế hộp sọ đã bị thất lạc.

Tên ông được đặt cho một tuyến đường tại phường Thọ Quang, quận Sơn Trà, thành phố Đà Nẵng.